Zanavykų muziejaus fonduose sukaupta  virš 50 tūkst. įvairių eksponatų. Medžiaga zanavykų krašte pradėta rinkti XX a. devintame dešimtmetyje ir kaupiama iki šiol. Muziejaus rinkiniai susideda iš pagrindinio ir pagalbinio fondo rinkinių.

Pagrindiniame fonde kaupiami archeologinę, istorinę, meninę, etnografinę ar kitokią kultūrinę vertę turintys autentiški eksponatai.

Pagalbiniam moksliniam fondui priklauso fotokopijos, reprodukcijos, dubletiniai egzemplioriai, prastos būklės, tačiau krašto istorijai reikšmingi eksponatai.

Eksponatai Zanavykų muziejuje kaupiami šiomis kryptimis: atspaudai ir atvirukai; etnografija; fonoteka, videoteka; fotonuotraukos ir fotonegatyvai; istorija; meno kūriniai; numizmatika; raštija. Vertingiausią fondų dalį sudaro etnografijos rinkinys kuris atspindi zanavykų etnines ypatybes, verslus, amatus, buitį. Tai namų apyvokos daiktai, susisiekimo priemonės, baldai, darbo įrankiai, drabužiai, namudiniai audiniai.